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同母兄
琅玡悼王司马焕
异母兄
晋明帝司马绍
琅琊孝王司马裒
东海哀王司马冲
武陵威王司马晞
后妃
简文顺皇后王简姬，王遐之女，生司马道生、司马俞生
胡淑仪，生司马郁、司马朱生
王淑仪，生司马天流
李陵容，生司马曜、司马道子、鄱阳公主
徐贵人，生新安公主
子孙
儿子
司马昱有七子：其中有三人长大成人，其余四人早殇，但长大的三人除长子司马道生外皆死于非命。
思世子司马道生
司马俞生，早殇
临川献王司马郁，早殇（追赠）
司马朱生，早殇
司马天流，早殇
晋孝武帝司马曜
会稽文孝王司马道子
女儿
鄱阳公主，嫁王恭弟王熙，李陵容生
新安公主司马道福，初封余姚公主，先嫁桓济，后改嫁王献之
武昌公主，嫁桓脩
寻阳公主，嫁王袆之
孙女
晋陵公主，嫁谢安之孙、谢琰之子谢混，南朝宋时期降为东乡君
鄱阳公主，下嫁王导曾孙王嘏
孙子
晋安帝司马德宗
晋恭帝司马德文
会稽忠世子司马元显
《晋书·卷九·帝纪第九》：简文皇帝讳昱，字道万，元帝之少子也。幼而岐嶷，为元帝所爱。郭璞见而谓人曰：“兴晋祚者，必此人也。”及长，清虚寡欲，尤善玄言。
《晋书·卷九·帝纪第九》：永昌元年，元帝诏曰：“先公武王、先考恭王君临琅邪。继世相承，国嗣未立，蒸尝靡主，朕常悼心。子昱仁明有智度，可以虔奉宗庙，以慰罔极之恩。其封昱为琅邪王，食会稽、宣城如旧。”
《资治通鉴·卷第九十三·显宗成皇帝上之上》：丙寅，徙琅邪王昱为会稽王，吴王岳为琅邪王。